自定义 `ufunc`:用 Python 或 C 编写自己的通用函数

好嘞!准备好开启一场关于自定义 ufunc 的奇妙冒险了吗?系好安全带,我们要出发啦!🚀

自定义 ufunc:化腐朽为神奇,打造你的专属 NumPy 超能力!

各位观众,欢迎来到今天的“NumPy 超能力觉醒”讲座!今天,我们要聊聊一个能让你在 NumPy 的世界里呼风唤雨的秘密武器:自定义 ufunc

你是否曾遇到过这样的窘境:NumPy 自带的函数不够用,想要实现一些奇特的、定制化的运算,却发现无从下手?别担心!自定义 ufunc 就是你的救星,它能让你像魔法师一样,创造出属于自己的 NumPy 函数,让数据处理变得更加高效、灵活、有趣!

什么是 ufunc

首先,我们来认识一下 ufuncufunc,全称 Universal Function,即通用函数。它是 NumPy 的核心组成部分,负责执行数组间的元素级运算。简单来说,ufunc 就像一个超级计算器,可以对数组中的每一个元素进行相同的操作,然后将结果返回到一个新的数组中。

NumPy 已经内置了大量的 ufunc,比如加法 (np.add)、减法 (np.subtract)、乘法 (np.multiply)、除法 (np.divide)、三角函数 (np.sin, np.cos, np.tan) 等等。这些 ufunc 都是经过高度优化的,能够以极快的速度处理大规模数据。

但是,人有悲欢离合,月有阴晴圆缺,NumPy 内置的 ufunc 也不是万能的。总有一些特殊的运算,需要我们自己动手来实现。这时候,自定义 ufunc 就派上用场了!

为什么要自定义 ufunc

你可能会问:NumPy 已经够强大了,为什么还要自定义 ufunc 呢?原因很简单:

  • 满足特定需求: 有些运算是 NumPy 没有提供的,比如一些特殊的数学函数、统计指标、图像处理算法等等。
  • 提高代码效率: 对于一些复杂的运算,使用 Python 循环可能会非常慢。而自定义 ufunc 可以利用 NumPy 的底层优化,大幅提高运算速度。
  • 代码可读性: 将复杂的运算封装成 ufunc,可以使代码更加简洁、易懂。
  • 装X: 咳咳,好吧,这可能不是最重要的原因。但是,当你能够轻松地自定义 ufunc,并用它们解决实际问题时,那种成就感是无法言喻的!😎

如何自定义 ufunc

自定义 ufunc 有两种主要方法:

  1. 使用 Python (Numba): 这是最简单的方法,只需要编写一个 Python 函数,然后使用 Numba 的 @vectorize 装饰器将其转换为 ufunc
  2. 使用 C API: 这种方法比较复杂,需要编写 C 代码,并使用 NumPy 的 C API 将其编译成共享库。但是,它可以实现更高的性能。

接下来,我们将分别介绍这两种方法。

1. 使用 Python (Numba)

Numba 是一个 Python 的即时 (JIT) 编译器,它可以将 Python 代码编译成机器码,从而提高运行速度。Numba 的 @vectorize 装饰器可以将一个普通的 Python 函数转换为 ufunc

步骤:

  1. 安装 Numba:
    pip install numba
  2. 编写 Python 函数: 编写一个函数,用于实现你想要的运算。这个函数应该接受标量输入,并返回标量输出。
  3. 使用 @vectorize 装饰器: 在函数定义之前,加上 @vectorize 装饰器。可以指定输入和输出的数据类型。
  4. 调用 ufunc 像调用普通的 NumPy 函数一样,调用你的自定义 ufunc

示例:

我们来创建一个 ufunc,用于计算 sigmoid 函数:

import numpy as np
from numba import vectorize

@vectorize([ 'float64(float64)'])  # 指定输入和输出的数据类型
def sigmoid(x):
  """
  计算 sigmoid 函数:1 / (1 + exp(-x))
  """
  return 1.0 / (1.0 + np.exp(-x))

# 测试
x = np.array([-2, -1, 0, 1, 2])
y = sigmoid(x)
print(y)

代码解释:

  • @vectorize(['float64(float64)']):这个装饰器告诉 Numba,我们要将 sigmoid 函数转换为 ufunc,并且输入和输出的数据类型都是 float64
  • sigmoid(x):这个函数实现了 sigmoid 函数的计算。

优点:

  • 简单易用
  • 代码可读性高
  • 无需编写 C 代码

缺点:

  • 性能不如 C API
  • 依赖 Numba 库

2. 使用 C API

使用 C API 自定义 ufunc 可以实现更高的性能,但也更加复杂。

步骤:

  1. 编写 C 代码: 编写 C 代码,实现你想要的运算。需要定义一个函数,用于处理单个元素之间的运算。
  2. 编写初始化函数: 编写一个初始化函数,用于注册你的 ufunc
  3. 编译 C 代码: 将 C 代码编译成共享库。
  4. 在 Python 中导入共享库: 使用 ctypes 模块或者 numpy.ctypeslib 模块导入共享库。
  5. 创建 ufunc 对象: 使用 NumPy 的 frompyfunc 函数创建一个 ufunc 对象。

示例:

我们来创建一个 ufunc,用于计算两个数的平方和:

1. C 代码 (square_sum.c):

#include <Python.h>
#include <numpy/arrayobject.h>

// 函数:计算两个数的平方和
static void square_sum(double *in1, double *in2, double *out, int n, void *data) {
    int i;
    for (i = 0; i < n; i++) {
        out[i] = in1[i] * in1[i] + in2[i] * in2[i];
    }
}

// NumPy ufunc 包装器
static PyObject *square_sum_ufunc(PyObject *self, PyObject *args) {
    PyObject *in1_obj, *in2_obj, *out_obj;
    PyArrayObject *in1_array, *in2_array, *out_array;
    int n;

    // 解析参数
    if (!PyArg_ParseTuple(args, "OOO", &in1_obj, &in2_obj, &out_obj)) {
        return NULL;
    }

    // 将输入和输出对象转换为 NumPy 数组
    in1_array = (PyArrayObject *)PyArray_FROM_O(in1_obj);
    in2_array = (PyArrayObject *)PyArray_FROM_O(in2_obj);
    out_array = (PyArrayObject *)PyArray_FROM_O(out_obj);

    if (in1_array == NULL || in2_array == NULL || out_array == NULL) {
        Py_XDECREF(in1_array);
        Py_XDECREF(in2_array);
        Py_XDECREF(out_array);
        return NULL;
    }

    // 检查数组维度和数据类型
    if (PyArray_NDIM(in1_array) != 1 || PyArray_NDIM(in2_array) != 1 || PyArray_NDIM(out_array) != 1) {
        PyErr_SetString(PyExc_ValueError, "Input and output arrays must be 1-dimensional.");
        Py_DECREF(in1_array);
        Py_DECREF(in2_array);
        Py_DECREF(out_array);
        return NULL;
    }

    if (PyArray_TYPE(in1_array) != NPY_DOUBLE || PyArray_TYPE(in2_array) != NPY_DOUBLE || PyArray_TYPE(out_array) != NPY_DOUBLE) {
        PyErr_SetString(PyExc_ValueError, "Input and output arrays must be of type float64.");
        Py_DECREF(in1_array);
        Py_DECREF(in2_array);
        Py_DECREF(out_array);
        return NULL;
    }

    // 获取数组大小
    n = PyArray_DIM(in1_array, 0);
    if (n != PyArray_DIM(in2_array, 0) || n != PyArray_DIM(out_array, 0)) {
        PyErr_SetString(PyExc_ValueError, "Input and output arrays must have the same size.");
        Py_DECREF(in1_array);
        Py_DECREF(in2_array);
        Py_DECREF(out_array);
        return NULL;
    }

    // 调用 C 函数
    square_sum((double *)PyArray_DATA(in1_array), (double *)PyArray_DATA(in2_array), (double *)PyArray_DATA(out_array), n, NULL);

    // 释放资源
    Py_DECREF(in1_array);
    Py_DECREF(in2_array);
    Py_DECREF(out_array);

    // 返回 None
    Py_RETURN_NONE;
}

// 方法表
static PyMethodDef SquareSumMethods[] = {
    {"square_sum_ufunc",  square_sum_ufunc, METH_VARARGS, "Calculate the sum of squares of two arrays."},
    {NULL, NULL, 0, NULL}        /* Sentinel */
};

// 模块定义
static struct PyModuleDef square_sum_module = {
    PyModuleDef_HEAD_INIT,
    "square_sum",   /* name of module */
    NULL, /* module documentation, may be NULL */
    -1,       /* size of per-interpreter state of the module,
                 or -1 if the module keeps state in global variables. */
    SquareSumMethods
};

// 模块初始化函数
PyMODINIT_FUNC
PyInit_square_sum(void)
{
    PyObject *m;

    m = PyModule_Create(&square_sum_module);
    if (m == NULL)
        return NULL;

    /* IMPORTANT: This must be called */
    import_array();

    return m;
}

2. 编译 C 代码:

gcc -shared -fPIC -o square_sum.so square_sum.c -I/usr/include/python3.x -I/usr/lib/python3.x/site-packages/numpy/core/include

替换 python3.x 为你的Python版本。

3. Python 代码:

import numpy as np
import square_sum  # 导入编译好的C模块

# 创建输入数组
x = np.array([1, 2, 3, 4], dtype=np.float64)
y = np.array([5, 6, 7, 8], dtype=np.float64)
out = np.zeros_like(x, dtype=np.float64)

# 调用 C 函数
square_sum.square_sum_ufunc(x, y, out)

# 打印结果
print(out)  # 输出: [26. 40. 58. 80.]

代码解释:

  • square_sum 函数:这个函数实现了两个数的平方和的计算。
  • PyMODINIT_FUNC PyInit_square_sum(void):这个函数是模块的初始化函数,用于注册 square_sum 函数。
  • gcc -shared -fPIC -o square_sum.so square_sum.c -I/usr/include/python3.x -I/usr/lib/python3.x/site-packages/numpy/core/include:这个命令用于将 C 代码编译成共享库。
  • import square_sum:这个语句用于导入共享库。
  • square_sum.square_sum_ufunc(x, y, out):这个语句调用了 C 函数,计算两个数组的平方和,并将结果保存到 out 数组中。

优点:

  • 性能高
  • 可以访问底层硬件资源

缺点:

  • 复杂
  • 需要编写 C 代码
  • 可移植性差

总结:

特性 Python (Numba) C API
易用性
性能
代码复杂度
可移植性

选择哪种方法取决于你的具体需求。如果你追求简单易用,并且对性能要求不高,那么 Python (Numba) 是一个不错的选择。如果你追求极致性能,并且愿意付出更多的努力,那么 C API 则是更好的选择。

高级技巧

  • 广播 (Broadcasting): ufunc 支持广播机制,可以对不同形状的数组进行运算。例如,可以将一个标量与一个数组相加,或者将一个 (m, 1) 形状的数组与一个 (1, n) 形状的数组相加。
  • 输出参数: 可以将结果保存到指定的输出数组中,而不是创建一个新的数组。这可以节省内存,并提高性能。
  • 错误处理: 可以自定义错误处理方式,例如忽略错误、警告错误、或者抛出异常。

常见问题

  • ufunc 的输入和输出数据类型必须相同吗?

    不一定。可以使用 @vectorize 装饰器指定不同的输入和输出数据类型。

  • 如何调试自定义 ufunc

    可以使用 Python 的调试工具 (如 pdb) 或者 C 的调试工具 (如 gdb) 进行调试。

  • 自定义 ufunc 会影响 NumPy 的性能吗?

    如果你的 ufunc 编写不当,可能会影响 NumPy 的性能。因此,需要仔细优化你的代码。

总结

自定义 ufunc 是 NumPy 的一项强大功能,可以让你扩展 NumPy 的功能,并提高数据处理的效率。无论是使用 Python (Numba) 还是 C API,都需要仔细学习和实践,才能掌握这项技能。

希望今天的讲座能够帮助你更好地理解和使用自定义 ufunc。记住,掌握了这项技能,你就可以在 NumPy 的世界里自由驰骋,创造出属于自己的数据处理奇迹!💪

祝大家编程愉快!🎉

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